ولایت فقیه پایه جمهوری اسلامی ایران است، هرچند در سال ۱۳۵۸ که ۹۸٫۲ درصد از شرکت‌کنندگان در همه پرسی‌ی گزینش نوع حکومت به جمهوری اسلامی رای دادند، ولایت فقیه به مفهوم کنونی‌ی آن برای بسیاری شناخته‌شده نبود. به باور برخی شیعیان در زمان غیبت امام غایب، فقیه واجد شرایط به عنوان ولی فقیه انتخاب می‌شود که وظایف امام غایب در زمان غیبت را بر عهده دارد. نظریه ولایت مطلقه فقیه در سالهای اخیر توسط روح‌الله خمینی مطرح شده و نظریات مشابهی نیز در آثار فقهای اقدم و فقهای قدیم و فقهای متأخر نیز موجود می‌باشد(ر.ک. حکومت اسلامی-حسینعلی منتظری).
اصول حکومت جمهوری اسلامی ایران
برابر قانون اساسی‌ی ایران، «اصول حکومت جمهوری اسلامی ایران بر پایه جمهوریت و اسلامیت بنا شده‌است، جمهوریت همان رای و اراده مردم در اداره برخی امور کشور است و اسلامیت یعنی مطابقت داشتن قوانین با دین اسلام.» [۲] نتیجه این تفسیر آن شد که در حکومت ایران «مطابقت داشتن قوانین با دین اسلام» پایه قرار داده‌شد و طبقه روحانی و پشتیبانان آن، که بیشتر از میان بستگان روحانیان و بازاریان مخالف مردم‌سالاری هستند؛ انحصار حکومت را در دست گرفتند و از آن هنگام، هرگاه نیاز باشد، برای مشروعیت دادن به تصمیم‌گیری‌های خود، انتخابات هدایت‌شده برگزار می‌کنند، و این همان «رای و اراده مردم در اداره برخی امور کشور» است.
تاریخچه
این نوع حکومت در ۱۲ فروردین ۱۳۵۸ مورد همه پرسی قرار گرفت که ۹۸٫۲ درصد شرکت‌کنندگان به آن رای آری دادند. تصور مردم از جمهوری اسلامی، گونه‌ای جمهوری بود که به اسلام احترام بگزارد، اما در واقع حکومت جدید به صورت حکومت طبقه روحانی در آمد. در این نوع حکومت رهبر (ولی فقیه) بالاترین رکن نظام است که طبق قانون اساسی فرمانده کل قوا و ناظر سه قوه مجریه، مقننه و قضاییه‌است. رئیس قوه مجریه رئیس جمهور است که با رای مستقیم مردم به فرد تایید صلاجیت شده شورای نگهبان قانون اساسی انتخاب می‌شود و مدت ریاست جمهوری او که باید از رجال سیاسی باشد ۴ سال است. یک فرد تنها می‌تواند برای ۲ دوره متوالی یعنی ۸ سال رئیس جمهور باشد. رئیس جمهور وظیفه عزل و نصب وزرا را دارد. برای نصب هر وزیر رئیس جمهور می‌بایست نام او را جهت اخذ رای صلاحیت نمایندگان مجلس به مجلس شورای اسلامی بفرستد. همچنین انتخاب معاون محیط زیست و ریاست بانک مرکزی از وظایف رئیس جمهور است. رئیس قوه مقننه یا قانون گذاری همان رئیس مجلس شورای اسلامی است که از میان نمایندگان مجلس با رای اعضا به صورت سالانه انتخاب می‌شود. مجلس شورای اسلامی دارای ۲۹۰ عضو است که اعضای آن از میان کسانی که شورای نگهبان آنها را تائید صلاحیت کرده، به وسیله مردم از راه انتخابات انتخاب می‌شوند و مدت نمایندگی آنها ۴ سال است. رئیس قوه قضاییه با حکم رهبر به مدت ۵ سال قابل تمدید عزل و نصب می‌شود و مسئولیت اداره قوه قضاییه و عزل و نصب روسای دادگستری استان‌ها و ادارات ذیربط آن همچون دیوان عالی کشور و دادستانی کل کشور را به عهده دارد.
ساختار
رهبر
در جمهوری اسلامی بالاترین مقام رهبر (ولی فقیه) است که توسط مجلس خبرگان انتخاب می‌شود. رهبر تنها در برابر مجلس خبرگان پاسخگو است، که این مجلس خود مسوولیتی در اعمال مردم‌سالاری یا پاسداری از آن ندارد. به این ترتیب، رهبر تا هنگامی که مقررات اسلام را برابر نظر مجلس خبرگان اجرا می‌کند، از اختیارات بالایی برخوردار است. او بااختیارتعیین رئیس سازمان دولتی صدا و سیما و سیاست‌های آن، در تبلیغ دیدگاه‌ها و باورهای هم‌صنفان خود کاملا آزاد است؛ و دارای سمت فرماندهی کل قوااست.
مجلس خبرگان
کاندیدهای این نهاد باید دارای شرایط اجتهاد و فقاهت باشند که صلاحیت علمی آنان از طرف حوزه علمیه تأیید می‌شود. در حال حاضر گرفتن آزمون و تأیید صلاحیت علمی به شورای نگهبان واگذار شده. نمایندگان این نهاد توسط رأی مستقیم مردم انتخاب می‌شوند.
حاکمان اصلی در جمهوری اسلامی ایران، مجلس خبرگان و رهبر هستند.
شورای نگهبان
این شورا دو کار عمده دارد:
۱. گزینش از میان داوطلبان نامزدی‌ی انتخابات (ریاست جمهوری، مجلس، ...) و معرفی‌ی نامزدهای مجاز به شرکت درانتخابات؛ به این ترتیب تنها نامزدهایی مجاز به برگزیده‌شدن خواهند بود که برابر سیاست‌های رهبر و مجلس خبرگان رفتار کنند.
۲. بررسی‌ی قانون‌های تصویب شده در مجلس از نظر مغایرت نداشتن آنها با مقررات اسلامی؛ هر قانون برای اجرایی شدن باید در آغاز به‌وسیله این شورا تایید شود.
اعضای شورای نگهبان ۶ حقوقدان، که توسط رئیس قوه قضاییه به مجلس شورای اسلامی معرفی و توسط نمایندگان مجلس شورای اسلامی انتخاب می‌گردند، و ۶ فقیه، که مستفیما توسط رهبر تعیین می‌شوند، هستند.
سپاه پاسداران انقلاب اسلامی
نیرویی است در کنترل رهبر که برای نگهبانی ازجمهوری اسلامی ایجاد شده‌است و افزون بر نیروهای رسمی‌ی زمینی، هوایی و دریایی و چند نیروی دیگر؛ نیروی مقاومت بسیج و لباس‌شخصی‌ها را در بر می‌گیرد.سرکوب هرگونه مخالفت داخلی، و کمک به ستیزه‌گران اسلامی در اسرائیل، لبنان و ذیگر نقاط جهان از وظایف این نیرو است.
صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران
سازمان رادیو و تلویزیون دولتی ایران است که در کنترل رهبر قرار دارد و وظیف‌ی آن پخش سیاست‌های نظام است به شرح زیر:
۱. تبلیغ باورها و سلیقه‌های رهبر، هم‌صنفانش و طبقه حاکم
۲. پخش برنامه‌های اسلامی
۳. القائ این که مردم باید سپاسگزار حاکمان باشند
۴. ترویج ماتم و سوگواری به مناسبت‌های گوناگون مذهبی و غیر مذهبی
۵.دشمنی‌ورزی با فرهنگ ایرانی، با این باور که توجه مردم ایران به فرهنگ ایرانی از توجه ایشان به ارزش‌های مورد نظر حاکمان خواهدکاست
۶. جلوگیری از پخش، یا محدود کردن پخش هر چیزی که ممکن است از توجه مردم به به ارزش‌های مورد نظر حاکمان بکاهد، از جمله برنامه‌های هنری، سازهای موسیقی و برنامه‌های شاد