چون پروتوپلاسم باکتری شفاف است و قابل تشخیص از محیط اطراف نیست، برای تشخیص و قرار دادن باکتری ها در گروه های مختلف، باکتری ها را رنگ می کنند. رنگ هایی که در میکروبیولوژی استفاده می شوند از مشتقات قطران زغال سنگ هستند.
انواع رنگ ها
الف) اسیدی (آنیونیک): رنگ های اسیدی دارای کروموژن منفی هستند یا آنیونیک اند و با قسمت هایی از سلول که دارای بار مثبت هستند ترکیب می شوند، مانند پروتئین ها. از این رنگ ها می توان به اسید پیریک، قرمز کنگو و فوشین اسیدی اشاره کرد.
ب) بازی (کاتیونیک): این رنگ ها دارای کروموژن مثبت هستند و با قسمت هایی از سلول که دارای بار منفی هستند ترکیب می شوند، مانند DNA و RNA. از این رنگ ها می توان به متیلن بلو، کریستال ویوله، سافرانین و تولوئیدن بلو اشاره کرد.
ج) خنثی (فاقد بار الکتریکی): این رنگ ها با قسمت هایی از سلول که فاقد بار هستند ترکیب می شوند، مانند رنگ سودان سیاه که برای رنگ آمیزی دانه های چربی مورد استفاده قرار می گیرد.
رنگ آمیزی ساده
در این رنگ آمیزی از یک رنگ برای مشاهدۀ شکل، آرایش و مرفولوژی سلول باکتری استفاده می شود که بر اساس تبادل بارهای مثبت و منفی و برقراری یک اتصال یونی بین مولکول ها عمل می کند. در این رنگ آمیزی ترجیحاً از رنگ های بازی استفاده می شود و چون سطح سلول باکتری هم به علت تجزیۀ گروه های کربوکسیل حاصل از تجزیۀ اسیدهای آمینه یا به علت تجزیۀ اسیدهای ریبونوکلوئیک در سیتوپلاسم دارای بار منفی تر است، در نتیجه بین بارهای + و – جاذبه ایجاد می شود و سطح سلول باکتری رنگ می شود.
مراحل رنگ آمیزی ساده
الف) تهیۀ گسترش (اسمیر): در تهیۀ گسترش یا از محیط مایع استفاده می کنیم یا از محیط جامد. اگر در تهیۀ گسترش از محیط جامد استفاده کردیم به آن یک قطره آب اضافه می کنیم.
طرز کار تهیۀ گسترش: اول با لوپ یک قطره آب روی لام می ریزیم بعد لوپ را روی شعله گرم می کنیم و بعد از آن صبر می کنیم تا لوپ سرد شود. بعد یک قطعه از کلنی بر می داریم و به قطره اضافه می کنیم و آنرا روی لام پهن می کنیم. باید توجه داشت که گسترش نباید ضخیم یا نازک باشد.
ب) خشک کردن: بعد از تهیۀ گسترش صبر می کنیم تا لام خشک شود.
ج) فیکس کردن (ثابت کردن): این عمل باعث می شود که پروتئین پروتوپلاسم باکتری منعقد شود و با شستن از روی لام شسته نشود. فیکس کردن با حرارت و مواد شیمیایی انجام می شود که در فیکس کردن با حرارت، لام را 3 تا 5 بار از داخل شعله عبور می دهیم.
د) ریختن رنگ: روی لام رنگ متیلن بلو می ریزیم و 3 تا 5 دقیقه صبر می کنیم و بعد لام را شست و شو می دهیم و خشک می کنیم.
بعد از این مراحل نمونه را زیر میکروسکوپ قرار می دهیم و با عدسی روغنی باکتری های رنگ شده را مشاهده می کنیم.