جنگ صفین از مهمترین نبردهای زمان خلافت امام علی علیه السلام بود که در سال 37 هجری بین آن امام بزرگوار و معاویه بن ابی سفیان در سرزمین صفین که در ناحیه غربی عراق بین رقه و بالس قرار دارد رخ داد، و از همین رو به جنگ صفین شهرت یافت.
امام علی علیه السلام در آغاز خلافت، معاویه را که کارگزار حکومت در شام بود، از مقامش عزل فرمود و شخص دیگری را به جای وی منصوب کرد ولی معاویه نپذیرفت و ناحیه شام را تحت قلمرو خود نگه داشت.
امیرمؤمنان خلیفه مسلمانان بار دیگر، پس از نبرد جمل، جریر ابن عبدالله را برای مذاکره و گرفتن بیعت از معاویه به شام فرستاد، اما معاویه این بار هم تسلیم نشد بلکه به بهانه خونخواهی عثمان سپاه شام را برای مقابله با امام علی علیه السلام آماده ساخت.
امیر مؤمنان نیز چون چاره‌ای ندید آماده جنگ شد، با سپاهی عظیم از کوفه حرکت فرمود و در بیابان صفین با معاویه برخورد کرد. و به این ترتیب، نبردی سخت و طولانی بین سپاه عراق و شام درگرفت.
پس از چند روز نبرد، سپاه امیرمؤمنان در آستانه پیروزی بود که عمرو بن عاص برای گریختن از شکست، به نقشه‌ی شوم قرآن بر سر نیزه کردن متوسل شد. به این ترتیب، جمع زیادی از سپاه عراق با دیدن این صحنه دست از جنگ کشیدند. سرانجام جنگ صفین با ماجرای حکمیت به پایان رسید و به شکست سپاه امام علی منجر شد.
می‌گویند در این جنگ از سپاه نود یا صد و بیست هزار نفری معاویه، چهل و پنج هزار نفر و از سپاه نود یا صد و بیست هزار نفری امام علی علیه السلام بیست و پنج هزار نفر کشته شدند و به این ترتیب، مجموع کشتگان این نبرد به هفتاد یا هفتاد و پنج هزار رسید.
جنگ خندق
در سال پنجم هجرت ، جنگ خندق واقع شد. ده هزار نفر از سپاه مشرکان مکه برای نابودی اسلام بسوی مدینه حرکت کردند.پیامبر به پیشنهاد سلمان دستورکندن خندق را در اطراف مدینه صادر کرد. سپاه دشمن حدود یک ماه پشت خندق زمین گیر شد و نتوانست وارد مدینه شود. سرانجام پنج نفر از قهرمانان نامی دشمن از نقطه باریکی عبور کردند و به میدان آمدند و مبارز طلبیدند.
" عمروبن عبدود" از جمله آنان و از جنگجویان بی نظیر عرب بود که او را با هزار مرد جنگی می سنجیدند. او با نعره های پیاپی در برابر صفوف مسلمانان می بالید و می خرامید و بانگ بر می آورد:
" مدعیان بهشت کجا هستند؟ صدایم از فریاد کشیدن گرفت و خسته شدم. آیا کسی نیست که به نبرد با من به میدان آید؟
مسلمانان در سکوت فرو رفته بودند. تنها حضرت علی بود که هر بار از پیامبر اجازه می خواست که به میدان برود،اما رسول خدا مانع می شد و می فرمود:" بنشین ، او عمرو است." سر انجام پیامبر علی را به مقابله با عمرو فرستاد در حالی که زیر لب می فرمود:" تمام اسلام در بربر تمام کفر قرار گرفته است"
وقتی عمرو به علی نگاه کرد، او را کوچک شمرد و حاضر به مبارزه با او نشد و گفت:"
از راهی که آمده ای بازگرد. من دوست ندارم تو کشته شوی، پدرت از دوستان من بود. "علی فرمود:" تو غصه مرگ مرا نخور/ من کشته شوم یا پیروز گردم، در هر دو صورت جایگاهم در بهشت است. ولی تو در هر دو حال در دوزخ خواهی بود.
عمروبن عبدو چون علی را پیاده دید، از اسب فرود آمد و با شمشیر خود بر علی تاخت. علی (ع) ضربت او را با سپر دفع نمود ولی سرش مجروح شد. اما م فرصت را غنیمت شمرد و با ضربتی محکم بر پاهای عمرو زد و او را نقش زمین ساخت. وقتی پهلوان شکست خورده عرب بر زمین غلطید، بر روی علی آب دهان انداخت. در این حال امام از کشتن او منصرف شد واز او فاصله گرفت. عبدو پرسید که چرا مرا نمی کشی؟ حضرت علی پاسخ داد:" من برای خدا شمشیر می زنم . چون تو برروی من آب دهان انداختی ، خشمگین شدم پس صبر کردم تا خشمم فرو نشیند تا کشتن تو به خاطر هوای نفس نباشد، بلکه فقط برای رضای خدا باشد."
پیامبر در این باره می فرمایند:
" ارزش شمشیر ی که علی در روز خندق بر دشمن فرود آورد، از عبادت جن و انس برتر است."
و سپس افزودند:" زیرا با کشته شدن عمروبن عبدو به همه خانه های مشرکان ذلت و خواری وارد گردید و به همه خانه های مسلمانان، عزت و شکوه وارد شد."
جنگ خیبر
در جنگ خیبر نیز شجاعت و مردانگی و دلاوری علی (ع) موجب پیروزی سپاه اسلام شد. مجاهدان اسلام نتوانسته بودند بزرگترین دژ دشمن را فتح کنند.
پیامبر هر بار فرماندهی سپاه را به یکی از یاران خود می داد ولی آنها بدون نتیجه باز می گشتند. ادامه این وضعیت برای پیامبر بسیار گران بود. لذا فرمود:" فردا پرچم را به دست کسی می دهم که هرگز فرار نمی کند و پشت به دشمن نمی نماید. او کسی است که خدا و رسول خدا او را دوست دارند و خداوند این دژ را به وسیله او می گشاید"
روز بعد، اصحاب پیامبر بی صبرانه منتظر بودند تا ببینند این افتخار نصیب کدامیک از یاران او می شود. در این هنگام پیامبر، علی را بسوی خود خواند . زره اش را به او پوشانید و پرچم را به دستش داد. علی شتابان به سوی قلعه خیبر حرکت کرد. در این هنگام در خیبر باز شد و مردان جنگجوی یهود بیرون آمدند. "مرحب" یکه تاز نامور یهود به رجز خوانی پرداخت و بسوی علی آمد اما طولی نکشید که ضربت شمشیر علی بر سر او فرود آمد. با کشته شدن مرحب همراهان او گریختند و به درون قلعه رفتند. علی با دلاوری بی نظیر خود در خیبر را از جای کند. آن حضرت خود می فرماید:
"هنگامی که در خیبر را از جای خود کندم ، آن را سپر خود ساختم تا آنگاه که خداوند یهودیان را شکست داد. در این هنگام ، آن را پلی برای عبور مسلمانان قرار دادم، سپس آن را در میان خندق افکندم."
جنگهایی را که حضرت علی (ع) همراه با پیامبر و یا مامور از طرف ایشان به عنوان فرمانده سپاه داشتند به ......می رسد .
حضرت علی (ع) چون سربازی فداکار در کنار پیامبر(ص) تا بدانجا نقش آفرینی نمود که در یکی از جنگها، پیامبر فرمود:
"ای علی: حمد و شکر خداوندی را که بوسیله تو پشتم را محکم و نیرومند ساخت.