بالاخره پس از سالها تلاش گیتس و شریکش آلن به آرزوی خود یعنی تاسیس یک شرکت نرم افزاری نزدیک شدند. قبل از هر چیز آلن و گیتس به دنبال نامی برای شرکت تازه تاسیس خود بودند. از میان اسامی مختلفی که از ذهن آنها می گذشت، مایکروسافت از همه بهتر به نظر می رسید. در ابتدا نام این شرکت به صورت Micro-Soft نوشته می شد، اما بعدها خط فاصله موجود در نام این شرکت برداشته شد و به صورت Microsoft درآمد.
گیتس و شریکش ابتدا شرکت خود را در نیومکزیکو تاسیس کردند و از اعضای قبلی گروه برنامه نویسی Lakeside برای کار در آن دعوت نمودند، اما کمی بعد شرکت آنها به سیاتل تغییر مکان یافت. در آغاز، سهم گیتس و آلن از مایکروسافت با هم مساوی بود یعنی آنها از یک مشارکت 50/50 برخوردار بودند. بعدها گیتس از آلن خواست تا سهم او افزایش یافته و این مشارکت به صورت 60/40 تبدیل شود. گیتس این تقسیم بندی را منصفانه می دانست، چون علاوه بر درآمدهای مشترکی که گیتس و آلن داشتند، آلن یک درآمد معین از شرکت MITS دریافت می کرد. در طول سالهایی که از تاسیس مایکروسافت گذشته است گیتس به تدریج سهام خود را فروخت تا جایی که اکنون فقط 22 درصد از شرکت مایکروسافت به او تعلق دارد.
در روزهای اول شرکت مایکروسافت، مدیریت این شرکت تابع روش مشخص و دقیقی نبود. آلن و گیتس در اداره ی تمام امور دخیل بودند. اما بعدها با گسترش و توسعه مایکروسافت این دو نفر وظایف مدیریتی را بین خود تقسیم نمودند. اداره ی بخش فناوریهای جدید و تولید محصولات به آلن سپرده شد و مدیریت امور تجاری مانند مذاکرات و بستن قرارداد ها را نیز گیتس به عهده گرفت. در طول 18 ماه اولی که از تاسیس مایکروسافت می گذشت، گیتس و آلن توانستند چند صد هزار دلاری از نوشتن برنامه برای شرکت های Apple Computer و Commodore به دست آورند.
شرکت آلن و گیتس یک اتاق رنگ و رو رفته و قدیمی بود که گیتس، آلن و گروه برنامه نویسانی که آنها استخدام کرده بودند شبانه روز در آنجا کار می کردند. اکثر وقت آنها صرف برنامه نویسی، خوردن پیتزا و تماشای فیلم می شد.
«در آن زمان بی وقفه کار می کردیم و شاید تنها تفریح ما تماشای فیلم بود. گاهی آنقدر خسته بودیم که در مقابل مشتریان خوابمان می برد.»
چندی نگذشت که شرکت مایکروسافت با اولین دعوا های حقوقی خود مواجه شد. به این ترتیب گیتس و آلن متوجه شدند که دنیای صنعت با داد خواستهای قانونی همراه است. غالب این داد خواستها از سوی شرکت اینتل بود. خصوصاً زمانی که تراشه 386 اینتل در بازار با موفقیت روبرو شد، این شرکت ادعا کرد که شرکت مایکروسافت قصد دارد به تبعیت از الگوی تراشه 386، تراشه ی جدیدی را وارد بازار نماید. البته تمام داد خواستهای شرکت اینتل معمولاً به نفع مایکروسافت به پایان می رسید، ولی در هر صورت می توانست در جریان رشد این شرکت وقفه هایی را به وجود آورد.
شرکت مایکروسافت در راستای ادامه ی فعالیت هایش با شرکت MITS قراردادی را منعقد کرد تا برای فروش نرم افزار Microsoft BASIC با هم همکاری کنند. اما چندی نگذشت که تعداد کپی های غیرمجاز این نرم افزار آنقدر زیاد شد که دو شرکت مذکور دست از فروش آن برداشتند. گیتس از این جریان بسیار عصبانی شد و وقتی با پدرش مشورت کرد او به گیتس اطمینان داد که می تواند به خاطر این قضیه علیه شرکت MITS شکایت کند، چون این عمل نوعی نقض حقوق انحصاری به شمار می آید و در توزیع غیرمجاز برنامه ی BASIC شرکت MITS مقصر بوده است. اما در آن زمان آقای رابرتز شرکت MITS را به شرکت دیگری به نام Pertec فروخته بود، به همین دلیل گیتس پس از گرفتن وکیل علیه شرکت Pertec شکایت کرد. اما دادخواست آنها زمان زیادی تحت برسی قرار گرفت و در این مدت طولانی شرکت Pertec از پرداختن سهم مایکروسافت بابت توزیع BASIC امتناع کرد.
«در آن زمان به نظر می رسید همه چیز علیه ما پیش می رود و گویا قاضی اصلاً نمی خواست حکم نهایی را اعلام کند. در آن موقع دست ما حسابی خالی شده بود به طوری که حتی نمی توانستیم پول وکیل مان را بپردازیم. گویا همکاری دادگاه و شرکت Pertec می خواست ما را به زانو درآورد. اما در نهایت قاضی رای خود را اعلام کرد. این رای به نفع شرکت مایکروسافت بود، چون شرکت Pertec و MITS طبق تعهداتی که در برابر مایکروسافت داشتند عمل نکرده بودند. در هر صورت من این مورد را نقطه اوج دزدی تجارت می دانستم و هنوز هم بر عقیده خود استوار می باشم.»
اد رابرتز موسس شرکت MITS معتقد است که این شرکت برنامه ی BASIC را از مایکروسافت خریداری کرده بود و مالک قانونی آن به شمار می رفت، اما در هر صورت باید به مفاد نامه قرارداد بیشتر دقت می کرد. رابرتز در این مورد می گوید:
«من ساده لوح بودم و شاید بیش از حد به خود اطمینان داشتم و هنگام بستن قرارداد اصلاً به مفاد آن توجه چندانی نکردم. چون فکر می کرد دو جوان 19 و 21 ساله نمی توانند چندان به بستن قرارداد وارد باشند و به همین دلیل قرارداد جای مبهم و یا پوشیده ندارد. در حالی که آنها بسیار زیرک و البته در عین حال شریف بودند.»
اگرچه گیتس می توانست از والدینش پول قرض بگیرد اما او این کار را نکرد، چون می خواست مایکروسافت از همان ابتدا مستقل و متکی به خود باشد. در سال 1979 آقای H.Ross Perot که در آن زمان رئیس شرکت کامپیوتری EDS بود تصمیم گرفت شرکت Apple Computer را خریداری کند. وقتی او موفق به این کار نشد به مایکروسافت رو کرد و سعی کرد که این شرکت را بخرد. او فکر می کرد پیشنهاد گیتس برای مایکروسافت رقمی بین 40 تا 60 میلیون دلار باشد، اما گیتس 6 تا 15 میلیون دلار تقاضا نمود. آلن با این کار مخالفت کرد و مانع فروش مایکروسافت شد. Perot در این باره می گوید:
«به خاطر این که برای سر گرفتن این معامله تلاش بیشتری نکردم همیشه خود را سرزنش می کنم.»
بعد از قضیه ای که بین شرکت مایکروسافت و شرکت Pertec به وجود آمد این شرکت تا مدت ها با مشکل چندانی روبرو نشد. هر چه مایکروسافت بیشتر پیشرفت کرد و مطرح تر شد، گیتس نیز به همان نسبت معروف شد. اکنون دیگر همه مایکروسافت را با گیتس می شناسند.
علاوه بر گیتس و آلن از جمله افرادی که در روزهای اول مایکروسافت به همکاری با گیتس و آلن پرداختند می توان به استیو وود، باب والیس، جیم لین، باب اوریر، باب گرین برگ، مارک مکدونالد، گوردن لت وین، آندریا لویس و مارلا وود اشاره کرد.