روز جمعه هفدهم ذی‌القعده سال 1313 ه.ق در بقعه حضرت عبدالعظیم به ضرب گلوله میرزا رضا کرمانی کشته شد. امین‌السلطان صدراعظم ناصرالدین شاه به وسیله کلنل کاساکوفسکی رییس سواران قزاق امنیت پایتخت را حفظ کرد و مراتب را به سفرای روس و انگلیس و دولت‌های دیگر اطلاع داد و با حضور آنان در تلگرافخانه با مظفرالدین میرزا ولیعهد، که مقیم تبریز بود، به وسیله تلگراف تماس گرفت و وفات شاه را به ولیعهد خبر داد.
هنگامی که امین‌السلطان همراه سفرای انگلیس و روسیه عازم تلگرافخانه بود تهی بودن خزانه و عقب‌افتادگی جیره و مواجب قراولان و نوکران دربار را به اطلاع سفرا رساند و گفت که ولیعهد خود دیناری پول ندارد تا وسایل سفر خود به پایتخت و جلوس بر تخت سلطنت را فراهم کند. سفیر انگلیس تعهد کرد که به لندن تلگراف کند تا برای مبلغ مورد احتیاج دولت اعتبار لازم به بانک شاهنشاهی حواله شود. امین‌السلطان ضمن مخابره حضوری با ولیعهد، او را از نتیجه مذاکرات خود با سفیر انگلیس و تامین اعتبار از راه استقراض از بانک شاهنشاهی مطلع ساخت. آنگاه تلگراف تسلیت مرگ شاه و تهنیت سلطنت شاه جدید از طرف درباریان تهیه و به تبریز مخابره شد و جواب آن از طرف مظفرالدین شاه از تبریز رسید.
در این تلگراف مظفرالدین شاه برای دوری از هر گونه مخالفت احتمالی درباریان با سلطنت خود یادآور شده بود که دربار ولیعهد در تبریز حتی «یک نفر ندارد که به دقایق الفاظ آگاه باشد تا به حقایق معنی چه رسد.» بدین ترتیب شاه جدید به رجال و درباریان اطمینان داده بود که هر یک در مقام خود باقی خواهند ماند. مظفرالدین شاه، که واقعه ترور ناصرالدین شاه او را سخت بیمناک ساخته و فاصله تبریز و تهران را با نگرانی و تشویش خاطر طی میکرد، علی‌رغم تشریفاتی که امین‌السلطان برای ورود او به پایتخت پیش‌بینی نموده بود صبح یکشنبه 25 ذی‌الحجه ناگهانی و بدون انجام تشریفات وارد پایتخت شد و به دوران انتظار درباریان و نوکران دستگاه سلطنت پایان بخشید.
«پس از مرگ ناصرالدین شاه، پسر چهارمش مظفرالدین شاه میرزا در تبریز بر تخت شاهی نشست و پس از چهل روز که طی آن اداره کشور در دست میرزا علی‌اصغرخان امین‌السلطان بود، به تهران وارد شد. مظفرالدین شاه در 1269 به دنیا آمد. دو برادر بزرگ‌ترش پیش از او و در زمان حیات ناصرالدین شاه در گذشته بودند و برادر بزرگ‌تر دیگرش مسعود ظل‌السلطان نیز به سبب آنکه مادرش از خاندان پادشاهی نبود، به ولیعهدی نرسید. مظفرالدین میرزا در سال 1274 یعنی در پنج سالگی به ولایت عهدی برگزیده شد و هنگامی که بر تخت نشست، چهل و چهار سال داشت. وی بیشتر دوره ولایت عهدی خود را در آذربایجان گذرانید.»
مظفرالدین شاه پس از هفت ماه میرزا علی اصغرخان امین‌السلطان را از مقام صدارت عزل کرد و در یازدهم ذی‌القعده 1314 میرزاعلی خان امین‌الدوله را که مردی آگاه و دانشمند بود به جای وی برگزید. امین‌الدوله در ایجاد بعضی کارخانه‌ها سعی فراوان داشت. وی دنباله اصلاحات میرا تقی‌خان امیرکبیر و حاج میرزا حسین‌خان سپهسالار را گرفت. به منظور پیشرفت فرهنگ، انجمنی تشکیل داد، به تاسیس مدارس پرداخت و به وضع کشور سر و سامان بخشید. چون گمرکات مملکت نامنظم و مختل بود، برای اداره آن اقدام به آوردن یک مستشار بلژیکی به نام مسیو نوژ کرد و وزارت عدلیه را تا حدی سر و سامان بخشید. اشراف مغرضی که از اصلاحات او خشنود نبودند و اکثرا از طرفداران امین‌السلطان به شمار می‌رفتند، شاه را وادار کردند که او را از کار برکنار کرده دیگر باره امین‌السلطان را بر سر کار آورد. وزارت امین‌السلطان از 1316 تا 1321 به درازا کشید و از طرف مظفرالدین شاه به اتابک اعظم ملقب گردید.
امین‌السلطان آلت دست روس‌ها بود و با اینکه هوش و فراستی کافی داشت، آن را در راه بهبود وضع کشور به کار نمی‌برد. پولی را که امین‌الدوله به زحمت گرد آورده بود، در اندک مدتی به باد داد و به مفت‌خواران بخشید و از طریق قرض خارجی وسایل سفر شاه را به اروپا فراهم آورد. در این موقع دولت به اعتبار ازدیاد درآمد گمرکات از بانک شاهی تقاضای وام کرد، ولی این درخواست پذیرفته نشد. روس‌ها که قصد داشتند به هر طریق شده ایران را محتاج خود سازند، آمادگی خویش را برای اعطای این وام اعلام داشتند. بانک استقراضی روس مبلغ بیست و دو میلیون و نیم روبل معادل با سه میلیون و چهارصد و سی و نه هزار لیره انگلیسی به دولت وام داد، مشروط بر اینکه ایران پانصد هزار لیره‌ای را که به بانک شاهنشاهی بدهکار بود، از محل مزبور تادیه کند تا بانک روس بتواند بستانکار منحصربه‌فرد ایران باشد. همچنین قرار بر این شد که عایدات گمرک ایران به استثنای گمرکات بنادر خلیج فارس وثیقه این وام باشد. سپس تعهد گردید که چنانچه عایدات گمرکی مرتبا پرداخت نشود، دولت روسیه اداره گمرکات را مورد بازرسی و در صورت لزوم تحت اداره خود قرار دهد. متعاقب این وام‌گیری، دولت ایران در سال 1318 توسط بانک شاهنشاهی مبلغ سیصد و چهار هزار و دویست و هشتاد و یک لیره از حکومت هند وام گرفت و عایدات شیلات دریای خزر و درآمد پست‌خانه و تلگرافخانه و گمرکات خلیج فارس را به انضمام اهواز و محمره (خرمشهر) تضمین آن وام قرار داد. اما به جای آنکه این وام‌های سنگین صرف اصلاحات و آبادی کشور شود، خرج دو سفر بی‌نتیجه شاه به فرنگستان گردید. موسیو نوژ مستشار بلژیکی که مستخدم دولت ایران بود، به عوض آنکه از مخدوم خود حمایت کند و منافع دولت ایران را حفظ نماید، طرفدار روس‌ها شد و روس‌ها آنقدر از او حمایت کردند تا آنکه به وزارت گمرکات ایران رسید. مظفرالدین شاه با وجود گرفتن آن همه وام، همیشه به پول احتیاج داشت و به همین دلیل با طیب خاطر به اعطای امتیازات ادامه می‌داد، زیرا کسانی که امتیاز می‌گرفتند ناچار بودند مبالغ هنگفتی به کیسه شاه بریزند. از جمله این امتیازات ننگین، امتیاز نفت جنوب بود که در صفر 1319 به دارسی انگلیسی داده شد. (مه 1901)
در سال 1320 باز دولت روسیه قرضه دیگری به مبلغ ده میلیون روبل به ایران اعطا کرد که کشور را بیش از پیش تحت نفوذ اقتصادی آن دولت درآورد و مظفرالدین شاه این پول را صرف سفر دوم خود به فرنگستان کرد.
جامع‌ترین شرحی که درباره خصال و خصائص اخلاقی مظفرالدین شاه و وضع دربار او نوشته شده از مرحوم ناظم‌الاسلام کرمانی در کتاب تاریخ بیداری ایرانیان است و عباراتی عینا از آن کتاب نقل می‌شود:
«... روس‌ها حسب‌العاده دیرینه رسوخ و نفوذ خود را از ایام ولیعهدی سخت در قلب این پادشاه جای دادند. در ایام ولیعهدی دعوی اصلاح‌خواهی و حریت پسندی می‌فرمود، اخبار ناصری هم در تبریز به تشویق شاهانه اشاعت یافت و قانون که ممنوع از دخول به ایران بود در لف پاکت به ایشان می‌رسید. دانشمندان به ملاحظه بی‌کفایتی ذاتی و عدم جودت طبیعی خصوصا بعد از طغیان شیخ عبیدالله و بروز آن درجه جبنیت امید خوشبختی به سلطنت ایشان نداشتند.» (اخبار ناصری نام روزنامه‌ای که در تبریز انتشار می‌یافت و قانون هم نام روزنامه‌ای بود که به وسیله میرزا ملکم‌خان در پاریس منتشر میشد.)
«در آغاز جلوس سخنان دل خوش کن که دال بر توجهات ملوکانه به اصلاحات ملکی و نظام ادارات دولتی، خاصه نظامی، بود می‌فرمود. از این رو تا درجه‌ای توجه عامه را مبذول به خود نمود، خصوصا در سال 1315 که میرزاعلی اصغرخان امین‌السلطان مطرود و میرزا علی‌خان امین‌الدوله به وزیر اعظمی انتخاب شد اصلاح خواهان را تا اندازه‌ای امیدوار ساخت.»
«این پادشاه زایدالوصف ساده‌لوح، سهل‌القبول، متلون‌المزاج، مسخره و مضحکه‌پسند و بد خلوت بود. امور سلطنت با میل عمله‌جات خلوت و وزرای خود غرض اداره میشد. خلوتیان پادشاه گویا از پست‌فطرتان و پست‌نژادان و بی‌تربیت و بداخلاقان انتخاب شده بودند. پادشاه شخصا با آن همه تعلیم و تربیت دارای هیچ علم نبود و از اطلاعات سیاسی و تاریخی و غیره که لازمه جهانداری است بی‌بهره بود و از این رو مآل‌بینی و عاقبت‌اندیشی، حتی برای خود و اخلاف خویش، هم به خاطرش خطور نمی‌کرد.»
«چون این پادشاه را شخصا قوه متصرفه در امور جمهور نبود اگر وزیری کاردان و کافی او را دچار میشد، و خلوت او را صاف و پاک میکرد، رشته امور به این قسم‌ها از هم نمی‌گسیخت. در عهد این پادشاه در هیچ شعبه‌ای از شعبات دولتی و ملکی اصلاح نشده بلکه نسبت به ایام پدرش تمام خراب‌تر گردید. حکومت علانیه حراج و القاب و نیایش و فرامین به دست کهنه‌فروشان داخله و خارجه آشکارا به معرض بیع می‌رسید. اعتبار دستخط و فرامین دولتی یک دفعه زایل گردید.»
یکی از مورخین در توصیف این پادشاه چنین می‌نویسد: «آنچه را به زبان می‌گفت کله‌اش خبر نمی‌شد. خیلی مایل به تقلید از پدر بود ولی آن ماده وجودت را نداشت. یک مسافرت‌نامه هم نوشت. به تعزیه‌داری راغب معلوم میشد، در فن توپچیگری بی‌مهارت نبود. اگرچه مانند جدش محمدشاه موهوم پرست نبود ولی دماغش مانند پدر از خرافات صاف و پاک نبودی. شوق بسیار به گریه داشت و حکایات غریبه‌ای در این باب ذکر می‌نمایند.»
«این پادشاه خیلی بذال و منتها درجه جبان بود، از اغتصاب اموال رجال و متمولین مملکت و قتل نفس، بر خلاف پدر، اجتناب می‌نمود. جبنیت پادشاه عاقبت به حال ایران مفید واقع گردید که به یک جنبش ملی و مشروطیت سلطنت را تسلیم نمود. این پادشاه عاقبت به خیر شد و در آخر عمر جلب نام نیک کرد و محبوب‌القلوب رعایای خویش بلکه عامه نوع خواهان عالم گردید.»
«از تمام اجداد خود معارف دوست‌تر بود. به ترقی مملکت هم مایل‌تر بود ولو اندکی هم از اقتدارات او کاسته میشد، حرفی نداشت مشروط بر اینکه به دلخواه هر گونه تصرف در خزینه بخواهد بنماید.»
«در عهد این پادشاه آنچه رسما از ایران کاسته شد (فیضان‌رود) هیرمند بود که در تصفیه سرحدی سیستان و افغان قطع گردید و عثمانی هم به دعوی سرحدی به خاک ایران قدری تجاوز نمود. امتیازات بسیار مضر به خارجه داد منجمله حفر شوش کهنه برای آثار عتیقه به فرانسه، معادن نفت به انگلیس و غیره. اگرچه گفت‌وگوی بعضی از امتیازات در زمان ناصرالدین شاه شد ولی اتمام و اجرایش در عهد این پادشاه بود.»
با تمام اوصافی که از مظفرالدین شاه شد اما کار مهم وی که امضا و اعطای مشروطیت بود باعث شد که نام نیکی در تاریخ از خود به جای گذارد. بر خلاف خواست ناصرالدین شاه مردم به تدریج از کاستی‌های حکومت قاجاریه آگاه و خواستار اصلاح امور کشور شدند. با افزایش آگاهی جامعه درباره شیوه‌های حکومتی بهتر، در زمان سلطنت مظفرالدین شاه، پسر ناصرالدین شاه زمینه حرکتی مردمی برای دگرگون کردن نظام حکومتی ایران فراهم شد. مظفرالدین شاه که در زمان جلوس بر تخت پادشاهی چهل و چهار ساله بود، طبعی متفاوت با پدرانش داشت. وی با وجود داشتن سن زیاد و زندگی در کانون تحولات فکری و سیاسی یعنی تبریز، فردی نرم‌خو و ناتوان در اداره امور کشور بود.
اگرچه نرم‌خویی در عصر قاجار ویژگی مطلوبی بود، اما چون این موضوع بیشتر به سود فرصت‌طلبان و سودجویان خارجی و داخلی تمام میشد، در عمل گسیختگی بیشتری را در اداره کشور سبب می‌گردید. سودجویان داخلی این وضع را برای تامین خواسته‌های خود مناسب می‌دیدند و بیگانگان آن را زمینه‌ای مساعد برای گسترش حضور و سلطه خود در ایران تلقی می‌کردند. مظفرالدین شاه هم به این که او را پادشاه ایران بدانند اما زندگی آرام خود را داشته باشد و گاهی هم برای تفریح و معالجه به اروپا سری بزند، راضی بود. گاهی نیز برای آن که ظاهر را حفظ کند، سخنانی را که نشانگر علاقه او به اصلاح امور کشور بود، بر زبان می‌آورد. در آخرین سال سلطنت مظفرالدین شاه (1285 ه.ش) مردم دریافتند که آفات وجود چنین حکومتی بیش از مزایای آن است. آنها چون استبداد پدران شاه را هم تجربه کرده بودند، خواهان برقراری حکومتی بودند که از بار مشکلات‌شان بکاهد و خود نیز در آن نقشی داشته باشند. در این مکان، عمده‌ای از عاملان دینی و کسانی که با تحولات جدید جهانی آشنا بودند، هدایت مردم را به دست گرفتند و سرانجام مظفرالدین شاه را به ایجاد تغییراتی در نظام حکومتی وادار کردند. مهم‌ترین دستاورد این حرکت، پذیرش این موضوع بود که نمایندگانی از جانب مردم برای کشور قانون‌گذاری کنند و ناظر کارهای پادشاه باشند.