در سالهای پایانی حکومت ناصرالدین شاه قاجار اوضاع ایران به تدریج رو به وخامت نهاد و با مرگ شاه اوضاع آشفته‌تر شد. مظفرالدین شاه که پس از کشته‌شدن پدر به سلطنت رسید فردی بیمار و ملایم بود و دست کم مدتی برای پذیرش افکار اصلاح‌طلبانه آمادگی داشت. وی امین‌السلطان را که مورد تنفر عامه بود برکنار و امین‌الدوله را به جای او منصوب کرد او برای پرداخت حقوق حرمسرای پدر، برآوردن خواستهای مالی مکرر درباریان تازه وارد که سالها متنظر چنین فرصتی بودند و سفر «درمانی» به چشمه‌های آب معدنی اروپا به پول فراوان نیاز داشت. ولی صدراعظم نتوانست وام جدیدی از انگلیس دریافت کند. بدین سبب شاه امین‌الدوله را برکنار و بار دیگر امین‌السلطان را به صدراعظمی انتخاب کرد.
مظفرالدین شاه امین لسلطان
امین‌السلطان، دو وام بزرگ از روسها گرفت. در وام نخست، ایران تعهد کرد تمام بدهی خود را به انگلستان بپردازد و از این پس، بدون جلب رضایت روسها، از کسی وام نگیرد. در برابر وام دوم، امین‌السلطان روسها را از امتیازات اقتصادی عمده‌ای بهره‌مند ساخت. افزون بر این، روسها بر امضای یک معاهده گمرکی پای می‌فشردند. براساس این معاهده که سرانجام در 1902م به امضا رسید بر اقلام وارداتی روس تعرفه‌ای کمتر از 5% ارزش کالا که مرسوم زمان بود، گمرک بسته می شد. روسها برای تضمین وامها فردی بلژیکی به نام نوز را که به آنها تمایل داشت به عنوان رئیس گمرک ایران تحمیل کرده بودند با تسلط بلژیکیها بر گمرک ایران به دلیل تبعیضی که آنها در مورد بازرگانان ایرانی در مقابل تجاوز روس روا می‌داشتند شکایات فراوانی از بازرگانی ایرانی می‌رسید. این دو وام و درآمد ناشی از گمرک بیشتر در سه سفر شاه به اروپا در سالهای 1907-1900م هزینه گردید و شرایط اقتصادی بیش از پیش رو به وخامت نهاد.
در این موقعیت ناخشنودی از سلطه بیگانگان بر گمرک، افزایش نفوذ روسها، بی‌عدالتی و فقر و ناامنی و وجود مشکل نان در کشور، دولت را زیر فشار قرار داد. اولین مرحله از اعتراضها به بهانه نان شروع شد. عصیانها در هر شهر از سوی چند روحانی با نفوذ رهبری و پشتیبانی می‌شد. حمایت روحانیان بزرگ شهرها از این اعتراضها، حمایت علمای نجف را نیز جلب کرد به تدریج فشار مخالفان فزونی یافت و سرانجام در سال 1903م به استعفای امین‌السلطان که اکنون به بالاترین لقب یعنی اتابک دست یافته بود، انجامید شاه عین‌الدوله را به عنوان صدراعظم انتخاب کرد. اما نارضایتی‌ها پایان نیافت. همزمان با تشکیل انجمن‌های مخفی مخالفان خصوصاً در تهران و تبریز پخش شب‌نامه‌ها به زبان فارسی در خارج از کشور به چاپ می‌رسید گسترش یافت. در این زمان شکست روسیه از ژاپن و وقوع تحولات انقلابی در روسیه به مردم جسارت و روحیه بخشید. ایرانیان می‌دانستند که روسها برای حفظ منافعشان از حکومت قاجار حمایت می‌کنند ولی مشاهده پیروزی یک کشور کوچک آسیایی دارای قانون اساسی بر یک قدرت غول پیکر اروپایی بدون قانون اساسی و وقوع تحولات انقلابی در روسیه ترس آنها را از مقابله با روسها فرو ریخت.
چگونگی آغاز انقلاب مشروطه
استعفای امین‌السلطان و صدراعظمی عین‌الدوله و مشکلات گمرک، شکست روسیه از ژاپن و برخی عوامل دیگر سبب آغاز این نهضت شد .
مهمترین حوادث، دو واقعه که در بر افروختن آتش خشم مردم مؤثر بود عبارتند از:
1-کردار توهین آمیز نوز در پوشیدن لباس روحانی که سبب بسته شدن بازار و تجمع مردم در حضور روحانیان شد.
2-چوب و فلک کردن دو بازرگان به جرم گران فروختن شکر البته دو بازرگان اصرار داشتند که افزایش بهای شکر وارداتی به دلیل جنگ روسیه و ژاپن سبب بالا رفتن قیمت شکر شده است. مردم به رهبری علما در برابر این حوادث لب به اعتراض گشودند. لجاجت عین‌الدوله در مقابل اعتراضها، به مهاجرت علما به حرم حضر‌ت عبدالعظیم انجامید. (مهاجرت صغری) در آنجا برای اولین بار حکومت آشکارا مورد انتقاد قرار گرفت و سخنرانان درباره ستم‌کارگزاران حکومت و تیره روزی مردم سخن گفتند.
مردم دولت را برای بازگرداندن سریع علما زیر فشار قراردادند. روحانیان تأسیس عدالتخانه برکناری نوز بلژیکی رئیس گمرک و عین‌الدوله را شرط بازگشت خویش شمردند با پافشاری مردم، دولت ناگزیر خواست علما را پذیرفت. به دنبال آن خشونت کارگزاران دولتی علیه مردم و عدم پای‌بندی حکومت به تعهداتش سبب گسترش اعتراضهای مردم و روحانیان شد.
بدین ترتیب، تجمع اعتراض آمیز مردم تهران در مسجد جامع با حمله سربازان به خاک و خون کشیده شد. علما در واکنش به این مساله به قم مهاجرت کردند. گروهی از مردم نیز که بر جان خویش بیمناک بودند به سفارت انگلیس پناه بردند. این تحصن یک ماهه در سفارت بیگانه از نقاط مذموم و تاریک انقلاب مشروطه است. متحصنان نخست از شرع احمدی و سنت محمدی سخن می‌راندند ولی بتدریج این خواسته‌ها دگرگون شد و مضامین فرهنگ غربی در درخواستها وارد شد. تحصن در سفارت انگلیس فرصت مناسبی برای هدایت نهضت توسط انگلیسیها فراهم نمود. لفظ مشروطه در همین سفارت ورد زبانها شد. قبل از آن خواسته‌ها محدود به عدالتخانه بود. در این زمان تعداد بسیار اندکی معنای مشروطه و تبعات آنرا می‌دانستند و از میان 10 هزار نفری که به سفارت انگلیس رفتند فقط 10 نفر بودند که واقعاً مشروطه خواه بودند و می‌دانستند چه میخواهند. این مهاجرت به مهاجرت کبری مشهور است.