در روز بیستم جمادى الثانى 1320 هجرى قمرى مطابق با 30 شهریور 1281 هجرى شمسى ( 24 سپتامپر 1902 میلادى) در شهرستان خمین از توابع استان مرکزى ایران در خانواده اى اهل علم و هجرت و جهاد و در خاندانى از سلاله زهراى اطهر سلام الله علیها, روح الله الموسوى الخمینى پاى بر خاکدان طبیعت نهاد .
او وارث سجایاى آباء و اجدادى بود که نسل در نسل در کار هدایت مردم وکسب معارف الهى کوشیده اند. پدر بزرگوار امام خمینى مرحوم آیه الله سید مصطفى موسوى از معاصرین مرحوم آیه الله العظمى میرزاى شیرازى (رض) که پس از آنکه سالیانى چند در نجف اشرف علوم و معارف اسلامى را فرا گرفته و به درجه اجتهاد نایل آمده بود به ایران بازگشت و در خمین ملجأَ مردم و هادى آنان در امور دینى بود. در حالیکه بیش از 5 ماه از ولادت روح الله نمى گذشت, طاغوتیان و خوانین تحت حمایت عمال حکومت وقت نداى حق طلبى پدر را که در برابر زورگوئیهایشان به مقاومت بر خاسته بود, با گلوله پاسخ گفتند و در مسیر خمین به اراک وى را به شهادت رساندند. بستگان شهید براى اجراى حکم الهى قصاص به تهران (دار الحکومه وقت) رهسپار شدند و بر اجراى عدالت اصرار ورزیدند تا قاتل قصاص گردید
بدین ترتبیب امام خمینى از اوان کودکى با رنج یتیمىآشنا و با مفهوم شهادت روبرو گردید. وى دوران کودکى و نوجوانى را تحت سرپرستى مادر مومنه اش (بانو هاجر) که خود از خاندان علم و تقوا و از نوادگان مرحوم آیه الله خوانسارى ( صاحب زبده التصانیف ) بوده است و همچنین نزد عمه مکرمه اش ( صاحبه خانم ) که بانویى شجاع و حق‌جو بود سپرى کرد اما در سن 15 سالگى از نعمت وجود آن دو عزیز نیز محروم گردید
هجرت به قم، تحصیل دروس تکمیلی و تدریس علوم اسلامی
اندکى پس از هجرت آیه الله العظمى حاج شیخ عبد الکریم حایرى یزدى رحمه الله علیه ( نوروز 1300 هجرى شمسى, مطابق با رجب المرجب 1340 هجرى قمرى ) امام خمینى نیز رهسپار حوزه علمیه قم گردید و به سرعت مراحل تحصیلات تکمیلى علوم حوزوى را نزد اساتید حوزه قم طى کرد. که مى توان از فرا گرفتن تتمه مباحث کتاب مطول ( در علم معانى و بیان ) نزد مرحوم آقا میرزا محمد على ادیب تهرانى و تکمیل دروس سطح نزد مرحوم آیه الله سید محمد تقى خوانسارى, و بیشتر نزد مرحوم آیه الله سید على یثربى کاشانى و دروس فقه و اصول نزد زعیم حوزه قم آیه الله العظمى حاج شیخ عبدالکریم حایرى یزدى رضوان الله علیهم نام برد .
پس از رحلت آیه الله العظمى حایرى یزدى تلاش امام خمینى به همراه جمعى دیگر از مجتهدین حوزه علمیه قم به نتیجه رسید و آیه الله العظمى(رض) به عنوان زعیم حوزه علمیه عازم قم گردید. در این زمان, امام خمینى به عنوان یکى از مدرسین و مجتهدین صاحب راى در فقه و اصول و فلسفه و عرفان و اخلاق شناخته مى شد . حضرت امام طى سالهاى طولانى در حوزه علمیه قم به تدریس چندین دوره فقه, اصول, فلسفه و عرفان و اخلاق اسلامى در فیضیه, مسجد اعظم, مسجد محمدیه, مدرسه حاج ملاصادق, مسجد سلماسى و ... همت گماشت و در حوزه علمیه نجف نیز قریب 14 سال در مسجد شیخ اعظم انصارى (ره) معارف اهل بیت و فقه را در عالیترین سطوح تدریس نمود و در نجف بود که براى نخستین بار .مبانى نظرى حکومت اسلامى را در سلسله درسهاى ولایت فقیه بازگو نمود.