چگونگی و منظره‌ی بالینی هر عفونت و وخامت آن از دو عامل سرچشمه می‌گیرد:
عامل بیماری زا و زمینه‌ی مزاجی بیمار پاره‌ای از اجرام بیماریزا خیلی پرزور بوده (ویرولان) و الزاماً ایجاد یک بیماری وخیم می‌نمایند. برخلاف برخی دیگر از اجرام یا عوامل بیماریزا قدرت بیماریزایی کمتری دارند و قادر بایجاد بیماری در افراد تندرست نمی‌باشند، این اجرام تنها در افراد ناتوان و آنهایی که، قدرت دفاعی طبیعی کمتری دارند ایجاد بیماری می‌کنند.
سرانجام اجرامی دارنده قدرت متوسط بوده در حد وسط دو حالت بالا قرار دارند حدت ویژه برخی از سویه‌ها، محل ورود و تراکم و یورش میکروبی بمقدار زیاد در منظره بالینی مرض عفونی دخالت می‌کند.
تغییراتی که اخیراً در اثرات بالینی دیده میشود مربوط به عوامل زیر است:
تغییر قدرت یا پرزوری برخی از میکروبهای مقاوم شده به آنتی بیوتیک‌ها و انتخاب حاصل، تغییرات زمینه مزاجی افراد در برقراری بیماری مؤثر است مثلاً عفونتهای حاصل در افراد مبتلی به بیماریهای خونی بدخیم، سرطان، کاهش قدرت دفاعی با ایمنی یا جراحیهای جدید (قلبی و عروقی و عصبی)، اعمال طبی حیات‌بخش یا رآنیماسیزن و کاربرد داروهای کاهنده ایمنی.
منظره عفونت انسانی:
انسان دائماً و در تمام مراحل زندگی با میکروبها در تماس می‌باشد ولی کمتر مریض میشود. عفونت حاصل در هم شکسته شدن تعادل بین عوامل بیماریزائی اجرام بیماریزا و عوامل دفاعی بدن حاصل میشود اثر بیماریزائی میکروبها، بویژه باکتریها، با دو مکانیسم در ایجاد بیماری دخیل است ایجاد سم و رشد و تکثیر سبب خرابی بافتها که با پدیده بیماریزایی و واکنشهای حساسیت رابطه دارد. این عوامل ممکن است برای یک باکتری در یک بیمار فراهم گردد. در نتیجه عفونت وجود می‌آید و شکلهای مختلف بخود می‌گیرد. ویروسها سم تراوش نکرده از راه رشد و تکثیر داخل یاخته‌ای و خرابی آنها سبب بیماری می‌گردند (سیتوپاتوژن)، باکتریها سمهای گوناگونی تولید می‌کنند.
سم خارجی:
این سم را در صاف کرده گشت میکروب میتوان بدست آورد از آنجا که این سم از جسم میکروب بخارج تراوش میشود لذا باین اسم نامیده شده است.
سم داخلی برخلاف در بدن میکروب مانده و بخارج تراوش نمی‌شود اگر میکرب مرده و متلاشی به‌شود وجود خود را ثابت می‌کند. ماهیت سم خارجی پروتئینی می‌باشد و بمقادیر خیلی کم آثار خود را نشان میدهد. سمهای خارجی میکروبها قویترین سموم موجود کنونی به شمار می‌رود. ترکیب شیمیایی سموم خارجی بخوبی شناخته نشده است. برخی از سویه‌های میکروبی یک نوع (اسپس) سمهایی با خواص زیستی مشابه تراوش می‌کنند ولی خواص ایمنی متفاوتی دارند.
تهیه سم برای برخی از میکروبها به خصوص نوع ویژه‌ای از آنست مثلا با سیل دیفتری و استرپتوکک موقعی سم خود را تراوش می‌کنند که بصورت لیزوژنی باشند یعنی حضور یک نوع ویروس در ژنوم این باکتریها برای تراوش سم خارجی ضرور است وگرنه سمی از آنها تراوش نخواهد شد. سه نوع سم خارجی بیشتر از همه مورد بررسی قرار گرفته است: سم خارجی با سیلهای گزاز، دیفتری و بوتولیسم (با سیل بوتولیک). عوارض و علائم بیماری حاصل از باسیلهای یاد شده مربوط بسم خارجی آنها است وگرنه عفونت عمل مهمی انجام نمی‌دهد یعنی هرگاه رشد میکروبی بدون تراوش سم باشد اثر بیماریزایی نخواهد داشت. در بوتولیسم سم تراوش شده در غذا حضور دارد و از راه گوارش وارد بدن آدمی میشود یعنی سم بوتولیسم حاضر و آماده می‌باشد. درمان آنتی‌بیوتیکی در سه بیماری یاد شده تنها اثر ثانوی دارد، یعنی از افزایش باسیلها جلوگیری می‌کند در حقیقت میتوان گفت که آنتی‌بیوتیکها اثرشان در این بیماریها هیچ است. این سمها اثر آنتی‌‌ژنی دارند یعنی سبب ایجاد یک ایمنی می‌شوند. واکسنهائی که از بی‌اثر کردن این سمها ساخته شده خیلی سودمند بوده و باسم آناتوکسین معروفست. از تزریق این سمها در دامها سرم ضد سمی به دست می‌آورند. باکتریهای دیگری هم وجود دارند که تراوش سم خارجی می‌کنند ولی قدرت بیماریزایی آنها کمتر از سه مورد یاد شده است، مانند باسیلهای غیر هوازی که سبب ایجاد گانگری گازی می‌شوند و برخی از استرپتوککها گروه A که سم اریتروژن تراوش کرده مسئول ایجاد مخملک می‌باشند.
سم های داخلی:
این سمها دارای یک ساختمان مرکب لیپوپروتئینی و پلی‌ساکاریدی هستند.
سمهای داخلی فقط موقعی آزاد می‌شوند که باکتری یا باسیل حل شود. حل شدن یا لیز باکتریایی خودبخود یا در اثر کاربرد داروها و عوامل ضدباکتریایی، حاصل میشود. سمهای داخلی اصولاً در باکتریهای گرم منفی بویژه باکتریهای روده‌ای (سالمونلاها و کلی باسیل) وجود دارند. این سمها حاوی یا شامل آنتی‌ژنهای O جسمانی آنتروباکتریها هستند.
اثرات زیستی این سمها برحسب گونه‌ی مورد دامهای تجربه و شرایط تجربی متعدد و متغیرند.
اثرات تب‌زایی آنها با مقدار خیلی کم آنها آشکار میشود ولی اگر مکرر تزریق بشود یک پدیده تحمل برقرار میشود.
-اثرات عروقی آندوتوکسین ها در ایجاد شوکها هنوز بخوبی شناخته نیست.
-اثر ایمنی‌زایی غیراختصاصی بوده و بدو صورت: بمقدار زیاد کاهنده مقاومت به شمار می‌رود و با مقادیر کم افزاینده ایمنی می‌باشد. تزریقات مکرر آندوتوکسین‌ها قادر بایجاد واکنشهای حساسیتی شدید (هیپرسانسیبیلیته) غیراختصاصی پدید می‌آورد که با سم پدیده‌ی سانارلی شوارتسمان معروفست.
عمل درست و دقیق آندوتوکسین‌ها در عفونتهای انسانی هنوز به خوبی روشن نیست. برخی عفونتها مانند سیاه‌سرفه تنها با وجود سم داخلی است که بیماریزا بودنش مشخص میشود، یعنی اثرات سم داخلی آن در مراکز پئی کلیه آثار و عوارض آنرا پدید می‌آورد. بعلاوه در حصبه‌ها و گندخونهای با باسیلهای گرم منفی علایم حاصل مربوط به سم داخلی عفونت می‌باشد. مواد سمی دیگر تراوش شده از میکروبها عبارتند از: آنزیمها مانند (استرپتولیزین) و (استرپتوکیناز) و (هیالورنیداز) از استرپتوکلها تراوش میشود و (همولیزین‌ها) که از (استافیلوککها) تراوش میشود.
سیاه زخم
یک بیماری سمی و عفونی باکتریائی است و یک بیماری ویژه علفخواران اهلی است آدمی بر سبیل تصادف بدان مبتلا میشود.
باکتری شناسی:
ژرم مسئول، باکتریوم آنتراسیس هوازی که شباهت به باسیل سرئوس دارد، یک باسیل درشت و مستقیم و گرم مثبت است، که در محیطهای معمولی به خوبی رشد می‌کند. در محیطهای فقیر و نامساعد ایجاد سپر یا (هاگ) می‌کند. خیلی مقاوم می‌باشد، سپرها سبب دوام و برقراری آن در محیط خارج میشود، پرزوری یا حدت ابتدائی میکروب نیز توسط سپر حفظ میشود. به علاوه حل شدن (لیز) باسیل سبب آزاد شدن یک ماده سمی میشود (آندوتوکسین) که در قدرت بیماریزائی باسیل هم دخالت دارد.
سپر باسیل سیاه زخم ها در خارج از بدن باقی می‌ماند (زمین، روی علفها و غیره) و در برابر عوامل خارجی مقاومت زیادی از خود نشان میدهد. مخلوط با علف، از راه زخمهای حلق داخل خون علفخواران میشود، پس از رشد سبب ابتلاء آنها می‌گردد.