مسجد گوهرشاد، در جنوب حرم رضا ساخته شده‌است. این مسجد در سال ۸۲۱ ه.ق به دستور گوهرشاد آغا همسر شاهرخ از پادشاهان تیموری بنا شده‌است. به دلیل ظرافت و زیبایی کاشی کاری و خط و اسلوب معماری مسجد گوهرشاد، این مسجد از نفیس ترین شاهکار های معماری ایران در دوره تیموری است. اسم گوهرشاد در دو محل با کاشی معرق نگاشته شده، یکی در قسمت بالای در نقره‌ای که به دارالسیاده می‌رود و دیگری بر کتیبه ایوان مقصوره که به خط زیبای شاهزاده بایسنقر می‌باشد. در قسمت وسط نیز کتیبه‌ای به نام محمد رضا امامی وجود دارد. شیوه معماری این مسجد به سبک معماری مساجد چهار ایوانی ایران است و در طی سا‌ل‌ها گنبد آن چهار بار مورد مرمت قرار گرفته‌است.
ماجرای کشتار و سرکوب مردم به دستور رضاشاه به مناسبت اعتراض به تغییر لباس در سال ۱۳۱۴ درست چند ماه قبل از واقعه کشف حجاب نیز در این مسجد رخ داده‌است.
مهدعلیا، گوهرشاد آغا یا گوهرشاد بیگم از اشراف زنان خراسان بوده است. وى زنى بسیار باتمکّن، باوقار، خردمند، باثروت و بااحتیاط بود که به کثرت رحم و اطعام و انعام و صدقات و خیرات و مبرات موصوف و در حسن تدبیر و سیاست و حیا، مقامى والا داشت. به گفته مرحوم حاج ملاهاشم خراسانى در کتاب منتخب التواریخ: مخدره گوهرشادآغا مسلما شیعه بوده و در کمال اخلاص و حسن عقیده مسجدى را در مشهد مقدس بنا نهاده، ومى توان گفت، که این مسجد مقدس قدیمى ترین مسجد موجود شیعه در این ناحیه است.
وى به سال 780 ه.ق دیده به جهان گشوده است و در روز نهم رمضان سال 816 ه.ق در سن هشتادویک سالگى بر اثر وسوسه جمعى ، میرزا سلطان ابوسعید بن سلطان محمد بن میر انشاه بن امیر تیمور که برادرزاده شاهرخ بود در هرات فرمان قتل او را داد و سرانجام، وى را به شهادت رساندند و پیکرش را در مدرسه گوهرشاد که خود، آن را ساخته بود در هرات، کنار مزار شوهرش به خاک سپردند. پسرش، میرزا بایسنقر نیز در این مدرسه، در جوار قبر مادر و پدرش مدفون گردیده است.
پدر گوهرشادآغا، امیر غیاث الدین ترخان است که یکى از امراى عهد تیمورى بوده، و در جنگهاى بزرگى شرکت داشته و چنگیزخان او را ترخان کرده بود. ترخان یا آغاجى یا آغجى ، عنوان منصب خاصى در دستگاه امراى ماوراِءالنهر وخراسان بوده است که صاحب این منصب، واسطه میان سلطان و رعیت بوده، و به خاطر حشمت و نفوذى که داشته، بدون التزام به رعایت نوبت و رخصت، نزد سلطان بار مى یافته است، اصولاً در دوره مغول، براى متصدى عنوان آغاجى غالباً لقب ترخان tarxan را به کار مى برده اند.
به نقل جوینى : ترخان، آن بوَد که از همه مؤونات معاف بوَد و در لشکر که باشد، هر غنیمت که یابد، وى را مسلم باشد، و هرگاه که خواهد در بارگاه بى اذن و دستورى درآید، و وى را لشکر و مرد و مرکب و تجملات چندان که در حد و حصر نیاید....
مادر گوهرشاد آغا، بانو خان زاده بیگم است که در ماه رجب سال 814ه.ق در مشهد مقدس وفات کرده و در جوار مرقد مطهر حضرت رضا(ع) مدفون گردیده است.
همسر گوهرشادآغا، امیرزاده شاهرخ بن امیر تیمور گورگانى مى باشد که در روز پنج شنبه چهاردهم ربیع الثانى سال 779 ه.ق متولد ودر سال هشتصد وپنجاه ه.ق در شهر رى درگذشته که جنازه اش را به هرات حمل نمودند و در مدرسه گوهر شاد آغا دفن گردید، دوران سلطنت شاهرخ چهل وسه سال بوده است.
فرزندان گوهرشاد آغا: این بانوى محترمه داراى دو پسر بوده است؛ یکى به نام: میرزا ابراهیم یا ابراهیم سلطان که در ماه شوال سال 796ه.ق متولد و در ماه شوال سال 837 ه.ق درگذشته و پسر دیگر گوهرشاد آغا به نام، میرزا بایسنقر بود که در سال 802 ه.ق متولد شده و در سال 837 ه.ق درگذشته است.
پسران گوهرشاد آغا هنرمند بوده اند: هر دو پسر این بانوى بزرگوار به حسن خط و سایر کمالات ممتاز بوده اند بدین شرح:
میرزا بایسنقر، خوش طبع و هنرمند و هنرپرور بود ودر خط ثلث، سرآمد خطاطان محسوب مى شد. در کتابخانه اش پیوسته چهل نفر از خوشنویسان و تذهیبکاران و نگارگران مشغول کتابت و تذهیب و تصویر بوده اند. کتیبه پیش طاق مسجد گوهرشاد مشهد به خط ثلث از همین میرزا بایسنقر پسر گوهرشادآغا است که در بیست سالگى آن را نوشته و از قدرت و قوت قلم، معجزه اى به یادگار گذاشته است در این مسجدى که از بناهاى مادرش مى باشد. همچنین، کتابت بزرگترین قرآن موجود که طول هر صفحه آن دو ذرع ونیم و عرض آن یک ذرع و دو گره است و به خط محقق، از جمله آثار ارزنده او است که هم اکنون برخى از صفحات آن در کتابخانه آستان قدس و کتابخانه آقاى على اصغر مهدوى در تهران موجود است و نگارنده این سطور موفق به زیارت آن شده است.
ترتیب شاهنامه و الحاق مقدمه معروف بایسنقرى بر آن توسط همین امیرزاده در سال 829 ه.ق صورت پذیرفته است.
بایسنقر میرزا دوستدارترین و بانى زیباترین مکتب کتابسازى در ایران بوده است، و در هیچ دورانى به اندازه زمان او نسخه هاى نفیس و زیبا نوشته و تصویر نشده است، به طورى که کمتر کتابخانه اى در جهان هست که از کتاب هاى بایسنقر نسخه اى در آن یافت نشود.
جذب هنرمندان: این امیرزاده توجه خاصى به هنر نشان مى داد و هر کجا که هنرمندى سراغ داشت، با اجلال و تعظیم، او را به کارگاه خود جذب مى کرد، با آن که در هرات، صحافان و جلدسازان استاد به هم مى رسید، مع ذلک، به آنان اکتفا نکرده، در تبریز، استاد قوام الدین مجلد تبریزى که در صحافى و هنرهاى جلدسازى به غایت اشتهار داشت و صیت شهرت او به هرات نیز رسیده بود، را از تبریز به هرات آورده در کتابخانه گماشت و مورد توجه قرار داد. وى در صحافى انواع هنرنمایى مى فرمود از جمله، معرق را که تا آن عهد وجود نداشت، ابداع کرد. معرق سازى ، نخست، با اصطلاح آن روز منبت جلد خوانده مى شد. غیر از او، استاد ولى الله سمیعى نیشابورى ، سیف الدین نقاش و احمد بن محمود کمال مذهب، از آن جمله بوده اند.
پسر دیگر گوهرشادآغا، نواب میرزا سلطان ابراهیم بن میرزا شاهرخ برادر میرزا بایسنقر به غایت مستعد و هنرمند و فاضل بود و نیکو مى نوشت و فضلى به کمال داشت و از مولانا پیر محمد شیرازى تعلیم گرفت.
هم اکنون قرآنى به خط نسخ بسیار عالى از میرزا سلطان ابراهیم در موزه کتابخانه آستان قدس رضوى موجود است به شماره 414 که آن را در سال 827 ه. ق نوشته است و در همین سال وقف بر روضه منوره حضرت رضا (ع) کرده است. در آخر این قرآن آمده:
کتبه اضعف عبادالله الرحمن ابراهیم سلطان بن شاهرخ بن تیمور گورکان عفا الله عنهم، فى سنه سبع وعشرین وثمانمایه الهجریه ...