ریشه اندامی از گیاه است که معمولا در قرار دارد و موجب ثابت نگاه داشتن ساقه و اجزای آن می‌گردد. عمل مهم دیگر ریشه جذب آب و مواد غذایی اولیه نظیر آب و املاح مختلف از زمین بوده و همچنین ممکن است مواد غذایی مختلف درخود ذخیره کند. علاوه بر این اعمال اصلی ، ریشه نظیر ساقه رشد میکند و محل عبور جریانهای شیره‌های غذایی است ). با توجه به اعمال مشابه و غیرمشابهی که ریشه با ساقه دارد سبب می‌شود که در مواردی ساختمان متفاوتی نیز با آن داشته باشد.
اجزای مختلف ریشه
کلاهک ریشه: قسمت کاملا انتهایی ریشه که کلاهک ریشه نامیده می‌شود. یاخته‌های کاملا راسی و خارجی کلاهک به تدریج و بطور دایم در اثر تماس با خاک و عوامل محیط زیست به صورت پوسته‌های نازکی می‌افتد و درعین حال بطور دائم نیز بوسیله یاخته‌های مریستمی راس ریشه ساخته شده به آن اضافه می‌شود.
ناحیه نمو ریشه یا منطقه مریستمی: که در مقطع طولی آن را به نام مریستم نزدیک انتهایی ریشه‌ها می‌نامند. سلولهای حاصل از این منطقه ضمن تمایز یابی سلولهای مختلف ریشه را بوجود می‌آورند.
منطقه طویل شدن: یاخته‌های حاصل از تقسیم یاخته‌های مریستم ریشه در این ناحیه طویل می‌شوند.
منطقه تارهای کشنده: منطقه تارهای کشنده ، که بیشتر مواد غذایی از این منطقه جذب گیاه اولیه می‌شود. ضمنا یاخته‌های داخلی همین منطقه تغییر شکل و ساختمان داده و موجب تشکیل بافتهای مختلف در ریشه می‌گردد. لذا این منطقه را ناحیه تمایزیابی نیز می‌نامند.
ساختمان داخلی یک ریشه جوان از خارج به داخل در مقطع عرضی
اپیدرم یا بشره
یا بشره یک ردیف یاخته‌هایی است که از پروتودرم منشا می‌گیرد و تشکیل تارهای کشنده را نیز در بعضی از نقاط می‌دهد. در مواردی که محیط مرطوب باشد، تشکیل تار کشنده بیشتر و بهتر صورت می‌گیرد. تارهای کشنده یاخته‌های اپیدرمی هستند که در قسمتهای جانبی ریشه تشکیل می‌گردد. دیواره یاخته‌های تارهای کشنده نازک بوده و معمولا آن با مواد پکتیکی آغشته شده است. پروتوپلاسم یاخته‌های تار کشنده سرشار از آب بوده و دارایمعمولا در انتهای قسمت تار یا مویی یاخته می‌باشد.
کورتکس
داخلی‌ترین لایه کورتکس ، آندودرم نامیده می‌شود، که معمولا از مشخصات بارز ریشه‌ها است. آندودرم معمولا جدار نازک داشته به جز در قسمت دیواره‌های شعاعی و عرضی یاخته که ضخیم شده و از نوع کوتینی یا سوبرین درآمده و اصطلاحا نوار کاسپارین نامیده می‌شود که رشته یا نواری است که کوتین یا سوبرین که دور تا دور یاخته‌های آندودرمی را در جهت دیواره‌های شعاعی و عرضی یاخته فرا گرفته است.
دایره محیطیه
در مراحل اولیه از تکامل ریشه یک لایه مخصوص از یاخته‌های پارانشیمی از تغییر شکل لایه خارجی لایه زاینده استوانه مرکزی بوجود می‌آید. این لایه (دایره محیطیه) نسبتا به حالت غیر فعال مریستمی باقی می‌ماند. تا هنگام فعالیت ثانویه ریشه از آن پس ریشه‌های جانبی از این منطقه منشا می‌گیرند. یاخته‌های خارجی آن منتهی به تشکیل لایه زاینده آوندی می‌گردد و قسمتهای دیگر موجب تشکیل می‌شود.
استوانه مرکزی
این ناحیه از قسمتهای داخلی حاصل از پروکامبیوم تشکیل می‌شود. در این حالت هیچگونه پارانشیم داخلی و مغزی در ریشهدیده نمی‌شود. فقط در مواردی ممکن است دردیده شود (پارانشیم مغزی). بعضی اوقات مجموعه دایره محیطیه و استوانه آوندی را که مجموعا از پروکامبیوم منشا می‌گیرند، یک واحد به نام استل می‌نامند. در ریشه‌های اولیه معمولا حبابهای اولیه به صورت توده مرکزی که با چند بازوی منشعب دیده می‌شود، تشکیل و ظاهر می‌گردد که بین هر دو انشعاب اشغال میکند. بین این دو دسته آوند (چوبی و آبکشی) یک یا چند لایه سلول به نام لایه زاینده چوب آبکشی تشکیل می‌گردد. در گیاهانی که ساختمان پسین ریشه دیده نمی‌شود. یاخته‌های باقی مانده بین چوب و آبکش به تدریج اسکلرانشیمی می‌گردد.
به هر حال در بسیاری از ریشه گیاهان دولپه ، پارانشیم مغزی دیده نمی‌شود. اما بیشتر تک لپه‌ایها و بعضی گیاهان علفی دولپه که دستجات آوند چوبی در مرکز به هم می‌رسند به صورت پارانشیمی باقی می‌ماند و یک مغز پارانشیمی کاذبی تشکیل می‌دهند که در واقع با پارانشیم مغزی که در ساقه‌ها دیده می‌شود، تفاوت کلی دارد. زیرا که پارانشیم مغزی در ساقه از مریستم زمینه‌ای منشا می‌گیرد. حال آن که اگر پارانشیم مغزی در ریشه‌ای دیده شود، از پروکامبیوم آوندی منشا گرفته است. بطور کلی آوند چوبی اولیه‌ای که در ساقه دیده می‌شود در ریشه‌ها نیز دیده می‌شود. با این تفاوت که آوندهای چوبی مارپیچی و حلقوی در ریشه‌ها نسبتا نادرند. در حالی که در ساقه بیشتر دیده می‌شوند. ولی آوندهای آبکش اولیه در ساقه و ریشه هر دو همانند و یکسان است و هر دو دارای جسمهای غربالی یاخته‌های همراه و پارانشیم می‌باشند.
منشا ریشه‌های جانبی
ریشه‌های جانبی و یا انشعابات ریشه بطور کلی دراز یاخته‌های دایره محیطیه منشا می‌گیرند. غالبا انشعابات ریشه از نقطه مقابل دستجات آوند چوبی اولیه منشا می‌گیرد. بنابراین میتوان گفت که به ازای آوندهای چوبی اولیه انشعابات ریشه یا ریشه جانبی خواهیم داشت. مثلا در که دو دسته آوند چوبی دارد، دو ردیف عمومی انشعاب ریشه‌ای مشاهده می‌شود. سلولهای حاصل از فعالیت یاخته‌ای ، مولد ریشه فرعی که از پریسیکل منشا می‌گیرد، در بافت کورتکس نفوذ کرده تا به بشره می‌رسد. در ضمن عبور سرانجام کشیدگی ، پارگی بافتهای مسیر خود را که در اثر ریشه فرعی و فشار مکانیکی می‌باشد، می‌شود.
سیستم های ریشه ( Roots systems)
هنگامی که دانه رویش می یابد اولین عضوی که بر روی پوست ظاهر می شود راس ساقه (Root Tip ) است . که ریشه چه( Radicle) نیز نامیده می شود . ریشه چه در اثر طویل شدن محور زیر لپه ای ( Hypocotyle ) و امتداد آن ریشه اولیه ( Primary Root) را به وجود می آورد که به زودی منشعب می شود و ریشه ثانویه ( Secondary Root ) ایجاد میکند .
ریشه های اولیه در گیاهان گل دار دو لپه ای معمولا از ریشه های ثانویه بزرگ ترند و ریشه اصلی (Tap root ) نامیده می شوند . به این طرز ریشه بندی سبک یا سیستم ریشه اصلی (Tap root system ) و به ریشه های کوچک یا ریشه چه ( Rootlet ) می گویند .
در بعضی از دو لپه ای ها و تقریبا همه تک لپه ای ها تفاوتی بین ریشه های اولیه و ثانویه دیده نمی شود و به این طرز ریشه بندی سیستم ریشه بندی افشان (System fibrous roots) گفته می شود .
به ریشه های که از رشد گیاهک دانه به وجود نمی آیند ریشه های نا به جا ( Adventitious roots ) می گویند که ممکن است از ساقه یا برگ تولید شوند . شاخه های بسیاری از گیاهان هنگامی که در محل مرطوب قرار بگیرند و یا توسط انسان در خاک یا شن مرطوب قرار بگیرند می توانند ریشه های نا به جا ایجاد کنند و این نیز طریقه ای برای شناسائی گیاهان است و آنها را از گیاهانی که قادر به تولید ریشه های نا به جا نیستند متمایز می کند
از انواع ریشه های نا به جا می توان به ریشه های تکیه گاهی (Prop or stilt roots ) را نام برد . مانند : ریشه های تکیه گاهی ذرت ( Zea meys)
ریشه های غده ای یا ریشه ای ذخیره ای ( Storage Roots )
اغلب در ریشه های افشانی مثل کوکب (Dahlia spp. ) یا زنبق ( Iris spp. ) ریشه ضخیم و حاوی بافت ذخیره ای است . به این سیستم ریشه های ذخیره ای سیستم ریشه های گروهی یا دسته ای ( Fascicled root system ) گویند. که بخش ذخیره ای ممکن است کروی (Spheroidal) مانند : بعضی از اقسام چغندر (Beta spp. ) . فرفره ای یا شلغمی Napiform or turbinate) ) مانند : شلغم Brassica napus )) . دوکی شکل( Fusiform) مانند : سیب زمینی شیرین. واژ مخروطی Obconcial )) مانند : هویج (Carrota daucus ) باشند
ریشه های هوایی ( Aerial roots )
بعضی از گیاهان در گیاهان مرطوب و یا گرم ومرطوب می توانند ریشه های هوائی ایجاد کنند که به همین نام نامیده می شوند مانند گیاه انجیر معابد ( Ficus religiosa) . ریشه های بالا رونده ( Climbing root ) نیز از نوع ریشه های هوایی هستند که در انواع عشقه ها (Hedera spp. ) دیده می شود . ریشه های تنفسی (pnematophore or Respiratory roots ) که خاص گیاهان باتلاقی هستند مانند : چندل ( Rhizophora mucronata ) و حرا (Avicennia marina ) هستند که از انواع ریشه های هوایی محسوب می شوند
ریشه های انگلی ( Roots of parasites )
بعضی از گیاهان با ایجاد شاخه های زرد و نازک و ضعیف بر روی گیاهان دیگر به صورت انگل زندگی می کنند مانند : گیاهان بدون برگ Cuscuta spp. . این گیاهان ریشه های نا به جا تولید می کنند که در ساقه یا شاخه گیاه میزبان فرو می روند و آب و غذا از آن می گیرند که به این نوع ریشه ها ریشه های مکنده ( Haustorium ) می گویند