ریشه اندامی از گیاه است که معمولا در خاک قرار دارد و موجب ثابت نگاه داشتن ساقه و اجزای آن می‌گردد. عمل مهم دیگر ریشه جذب آب و مواد غذایی اولیه نظیر آب و املاح مختلف از زمین بوده و همچنین ممکن است مواد غذایی مختلف درخود ذخیره کند. علاوه بر این اعمال اصلی ، ریشه نظیر ساقه رشد می‌کند و محل عبور جریانهای شیره‌های غذایی است (شیره خام و شیره پرورده). با توجه به اعمال مشابه و غیرمشابهی که ریشه با ساقه دارد سبب می‌شود که در مواردی ساختمان متفاوتی نیز با آن داشته باشد.
اجزای مختلف ریشه
کلاهک ریشه: قسمت کاملا انتهایی ریشه که کلاهک ریشه نامیده می‌شود. یاخته‌های کاملا راسی و خارجی کلاهک به تدریج و بطور دایم در اثر تماس با خاک و عوامل محیط زیست به صورت پوسته‌های نازکی می‌افتد و درعین حال بطور دائم نیز بوسیله یاخته‌های مریستمی راس ریشه ساخته شده به آن اضافه می‌شود.
ناحیه نمو ریشه یا منطقه مریستمی: که در مقطع طولی آن را به نام مریستم نزدیک انتهایی ریشه‌ها می‌نامند. سلولهای حاصل از این منطقه ضمن تمایز یابی سلولهای مختلف ریشه را بوجود می‌آورند.
منطقه طویل شدن: یاخته‌های حاصل از تقسیم یاخته‌های مریستم ریشه در این ناحیه طویل می‌شوند.
منطقه تارهای کشنده: منطقه تارهای کشنده ، که بیشتر مواد غذایی از این منطقه جذب گیاه اولیه می‌شود. ضمنا یاخته‌های داخلی همین منطقه تغییر شکل و ساختمان داده و موجب تشکیل بافتهای مختلف در ریشه می‌گردد. لذا این منطقه را ناحیه تمایزیابی نیز می‌نامند.
ساختمان داخلی یک ریشه جوان از خارج به داخل در مقطع عرضی
اپیدرم یا بشره
اپیدرم یا بشره یک ردیف یاخته‌هایی است که از پروتودرم منشا می‌گیرد و تشکیل تارهای کشنده را نیز در بعضی از نقاط می‌دهد. در مواردی که محیط مرطوب باشد، تشکیل تار کشنده بیشتر و بهتر صورت می‌گیرد. تارهای کشنده یاخته‌های اپیدرمی هستند که در قسمتهای جانبی ریشه تشکیل می‌گردد. دیواره یاخته‌های تارهای کشنده نازک بوده و معمولا سلولز آن با مواد پکتیکی آغشته شده است. پروتوپلاسم یاخته‌های تار کشنده سرشار از آب بوده و دارای واکوئل بزرگ است. هسته معمولا در انتهای قسمت تار یا مویی یاخته می‌باشد.
کورتکس
داخلی‌ترین لایه کورتکس ، آندودرم نامیده می‌شود، که معمولا از مشخصات بارز ریشه‌ها است. آندودرم معمولا جدار نازک داشته به جز در قسمت دیواره‌های شعاعی و عرضی یاخته که ضخیم شده و از نوع کوتینی یا سوبرین درآمده و اصطلاحا نوار کاسپارین نامیده می‌شود که رشته یا نواری است که کوتین یا سوبرین که دور تا دور یاخته‌های آندودرمی را در جهت دیواره‌های شعاعی و عرضی یاخته فرا گرفته است.
دایره محیطیه
در مراحل اولیه از تکامل ریشه یک لایه مخصوص از یاخته‌های پارانشیمی از تغییر شکل لایه خارجی لایه زاینده استوانه مرکزی بوجود می‌آید. این لایه (دایره محیطیه) نسبتا به حالت غیر فعال مریستمی باقی می‌ماند. تا هنگام فعالیت ثانویه ریشه از آن پس ریشه‌های جانبی از این منطقه منشا می‌گیرند. یاخته‌های خارجی آن منتهی به تشکیل لایه زاینده آوندی می‌گردد و قسمتهای دیگر موجب تشکیل لایه زاینده چوب پنبه می‌شود.
استوانه مرکزی
این ناحیه از قسمتهای داخلی حاصل از پروکامبیوم تشکیل می‌شود. در این حالت هیچگونه پارانشیم داخلی و مغزی در ریشه گیاهان دولپه دیده نمی‌شود. فقط در مواردی ممکن است در تک لپه‌ایها دیده شود (پارانشیم مغزی). بعضی اوقات مجموعه دایره محیطیه و استوانه آوندی را که مجموعا از پروکامبیوم منشا می‌گیرند، یک واحد به نام استل می‌نامند. در ریشه‌های اولیه معمولا حبابهای اولیه به صورت توده مرکزی که با چند بازوی منشعب دیده می‌شود، تشکیل و ظاهر می‌گردد که بین هر دو انشعاب آوند چوبی را یک دسته آوند آبکشی اشغال می‌کند. بین این دو دسته آوند (چوبی و آبکشی) یک یا چند لایه سلول به نام لایه زاینده چوب آبکشی تشکیل می‌گردد. در گیاهانی که ساختمان پسین ریشه دیده نمی‌شود. یاخته‌های باقی مانده بین چوب و آبکش به تدریج اسکلرانشیمی می‌گردد.
به هر حال در بسیاری از ریشه گیاهان دو لپه ، پارانشیم مغزی دیده نمی‌شود. اما بیشتر تک لپه‌ایها و بعضی گیاهان علفی دولپه که دستجات آوند چوبی در مرکز به هم می‌رسند به صورت پارانشیمی باقی می‌ماند و یک مغز پارانشیمی کاذبی تشکیل می‌دهند که در واقع با پارانشیم مغزی که در ساقه‌ها دیده می‌شود، تفاوت کلی دارد. زیرا که پارانشیم مغزی در ساقه از مریستم زمینه‌ای منشا می‌گیرد. حال آن که اگر پارانشیم مغزی در ریشه‌ای دیده شود، از پروکامبیوم آوندی منشا گرفته است. بطور کلی آوند چوبی اولیه‌ای که در ساقه دیده می‌شود در ریشه‌ها نیز دیده می‌شود. با این تفاوت که آوندهای چوبی مارپیچی و حلقوی در ریشه‌ها نسبتا نادرند. در حالی که در ساقه بیشتر دیده می‌شوند. ولی آوندهای آبکش اولیه در ساقه و ریشه هر دو همانند و یکسان است و هر دو دارای جسمهای غربالی یاخته‌های همراه و پارانشیم می‌باشند.
منشا ریشه‌های جانبی
ریشه های جانبی و یا انشعابات ریشه بطور کلی در بازدانگان و نهاندانگان از یاخته‌های دایره محیطیه منشا می‌گیرند. غالبا انشعابات ریشه از نقطه مقابل دستجات آوند چوبی اولیه منشا می‌گیرد. بنابراین می‌توان گفت که به ازای آوندهای چوبی اولیه انشعابات ریشه یا ریشه جانبی خواهیم داشت. مثلا در چغندر که دو دسته آوند چوبی دارد، دو ردیف عمومی انشعاب ریشه‌ای مشاهده می‌شود. سلولهای حاصل از فعالیت یاخته‌ای ، مولد ریشه فرعی که از پریسیکل منشا می‌گیرد، در بافت کورتکس نفوذ کرده تا به بشره می‌رسد. در ضمن عبور سرانجام کشیدگی ، پارگی بافتهای مسیر خود را که در اثر ریشه فرعی و فشار مکانیکی می‌باشد، می‌شود